土壤在连作障害发生的情况下，特定的微生物会达到很高的密度，从而使连作障害加剧。但是在实行深耕结合增施有机肥的情况下，可使土壤中的微生物群落得到改善，使农业有益微生物的数量大大增加。据日本研究，在这种情况下，特别促进了细菌的繁殖，从而对降低霉菌类危害具有极大的效果。既是形成并释放出生育阻害物质，由于极大数量微生物的存在，也能促其分解，防止其积累危害。

　　连作延续的时间越长，土壤微生物变得越来越单纯，土壤微生物间的颉颃作用被消弱，这不仅更加增强病原菌的活动和增殖，而且一些过去没有发生过危害的菌类也会对植株产生不良影响，并消弱辣椒种子植株对病菌入侵的抵抗力。

　　轮作是防止辣椒种子连作障害最根本的措施。这是因为不同的作物根部分泌有机物的种类颇多，其组成也随作物而异，依赖分泌物生存的土壤微生物种类及密度也因作物而不同。实行轮作，不仅能防止某种作物特异病原菌的增殖，还可丰富土壤微生物群落，增强微生物间颉颃作用。

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